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万源中学先后获得“中国名校”、“中国西部名校”、“巴蜀名校”、“北京师范大学校本培训基地”、“全国优质教育资源建设重点示范基地校”、“中国师德建设重点示范单位”、“全国学校规范化管理示范单位”、“国家教育科研创新型学校”、“全国教育发展‘十五’计划重点课题先进实验校”；
“国家教师科研基金‘十一五’规划重点项目教育科研先进单位”、“全国课题研究合作基地”、“中国特色教育理念与实践项目学校”、“首批全国德育工作重点示范基地校”、“和谐中国。 首届全国校园文化建设百佳创新学校”、“中学课堂教学管理先进学校”、“四川省文明单位”、“四川省示范性普通高中”；
“四川省校风示范学校”、“四川省实验教学示范学校”、“四川省现代教育技术示范学校”、“四川省心理健康教育示范学校”、“四川省艺术教育先进学校”、“四川省体育传统项目示范学校”、“四川省绿色学校”、“四川省青少年科技教育示范学校”、“四川省青少年科普作家培养基地”、“四川省卫生先进单位”
