北京大学医学史与医学哲学系，是一个跨学科的教学与学术研究机构，拥有“科学技术史”一级博士学位授予点。本系旨在通过研究医学的演进历程，认知医学与社会、政治、经济、文化等的复杂互动关系，探索医学史和医学哲学研究的新方向与新方法，为理解和发展我国的医学与健康事业做出独特贡献。本系的主要研究领域包括医学思想史、医学社会文化史、中西医学比较史、中国近现代医学史、全球健康史、卫生保健政策与制度史等。招收博士和硕士研究生，以及科学技术史学科博士后。主要开设课程为：科学技术史、科学哲学、科学技术与社会研究、医学史、现代医学史研究的问题与方法、中国传统医学文化、专题研究讨论班等。
医学史与医学哲学系是从1946年建立的北京大学“医史学科”发展而成，是中国医学史研究者的重要培养基地。目前本系所属的医学史研究中心，是中国科学技术史学会医学史专业委员会和国际医史学会中国医史委员会的挂靠机构，先后主办多次国际和国内学术会议。2017年，本系所属北京大学医学史研究中心与医学史专业委员会成功主办了国际医学史学会第9届学术大会。本系的中心成员担任国际医学史学会执委，为推动中国医学史研究的国际化发挥了重要作用。
