生理学教研室是一个具有悠久历史的教研团队，创建于1918年，其创始人周颂声教授当年从日本归国，筹建了中国的第一个生理学专业教学研究室--“生理教室”，后逐渐发展为五十年代初的北京医学院生理教研组（室），曾拥有一批卓有建树的生理学家，其中有我国第一代“代谢生理学家”沈隽琪教授；“消化内分泌生理学家”王志均院士和“神经生理学家”韩济生院士等等。
病理生理学教研室建于1954年，当时由李秀琴教授担任教研室主任，苏静怡、伍贻经等为教研室骨干。
在九十年代末，随着北京医科大学与北京大学的重新合并，生理学教研室也与病理生理学教研室合并成为现在的生理学与病理生理学系。经过了近一个世纪的开拓和发展，生理学与病理生理学系在心血管、神经、代谢、消化、内分泌等系统的功能及机制研究中取得了长足的进步，为我国生理学和病理生理学的发展做出了显著贡献，并培养了上百名国内外相关学科领域的开拓者和带头人。生理学科于1989年首次被确定为重点学科，2007年被再次确认；生理学科于1981年成为国务院首批授予博士学位授予权的四个单位之一。
生理学与病理生理学系一直以来是基础医学院的优势学科，多次全国学科评估中名列前茅。我国第一代“代谢生理学家”沈隽琪教授；“消化内分泌生理学家”王志均院士和“神经生理学家”韩济生院士以及韩启德院士和首批973项目负责人唐朝枢教授等多位国内外知名的专家和学者曾任教于此。2019年QS全球国际学科专业排名为21位，是国内生理学科唯一位于QS前50的单位。
信守生理学科的发展理念，继承了光荣的传统，并不断发扬创新。使生理学科稳步发展，保持着学科优势，几十年来，生理学科培养了成千上万的医学生和几百名生理学科教学和科研骨干人才。在心血管、神经、代谢、消化和内分泌等系统的功能研究中取得了长足的进步，为我国生理学科的发展做出了贡献。
