北京大学化学系肇始于1910年成立的京师大学堂格致科化学门，是国立大学中最早设立的化学系，1994年更名为化学与分子工程学院（以下简称化学学院）。北京大学化学学科是国家一级重点学科和“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”；在历次教育部全国高校一级学科评估中均名列榜首；在全球高校化学院（系）的相关学科评估与排名中位列15名左右。化学学院始终以培养具有独立思辨能力和国际竞争力的杰出人才为使命；针对化学中的关键科学问题开展研究；同时注重与生命和材料等学科的交叉融合。
化学学院目前下设有无机化学研究所、分析化学研究所、有机化学研究所、物理化学研究所和理论与计算化学研究所等5个研究所，高分子科学与工程系、应用化学系和化学生物学系等3个系，以及化学基础教学实验中心。学院管理运行两个国家重点实验室、两个教育部重点实验室、一个国防重点学科实验室、北京大学分析测试中心和北京核磁共振中心。北京大学新设立的两个交叉学科平台-“合成与功能生物分子中心”和“软物质科学与工程中心”-也挂靠在化学学院。国家科技部于2003年底批准北京大学化学学院与中国科学院化学研究所联合筹建“北京分子科学国家实验室”，并在2007年12月通过建设论证。
化学学院现有教职员工203人，其中专任教师130多名，包括教授64人和副教授68人。教师中含有中国科学院院士10人，教育部长江学者特聘教授22人，国家自然科学基金委员会杰出青年基金获得者39人，国家级教学名师1人，北京市教学名师3人，国家级“百千万人才”9人以及新世纪人才13人等。此外，化学学院入选国家自然科学基金委员会“创新群体”4个和教育部“创新团队”4个。目前，化学学院有在读本科生约600人，研究生500余人，博士后70人左右。2003年以来，化学学院获得国家最高科学技术奖1项、国家自然科学奖二等奖5项、国家技术发明奖二等奖1项以及国家级教学成果奖二等奖1项等。
化学学院具有优良的教学科研条件。由无机化学、分析化学、有机化学、物理化学和化学工程基础等5个基础课实验室以及综合化学实验室组成的基础实验教学中心的总使用面积达4800多平方米。全院拥有总价值超过4亿元的各类科学仪器和教学设备，为学生的系统实验训练和综合素质培养以及师生员工的教学与科研工作提供了充分的保障。
化学学院受中国化学会和教育部高等学校化学教育研究中心等委托，负责编辑出版《物理化学学报》和《大学化学》两种刊物；与英国皇家学会和中国化学会合办的新的国际学术刊物《InorganicChemistryFrontiers》已于2014年正式创刊。学院教师中有70余人次任职于国际学术组织或担任国内外学术期刊的主编、副主编和编委等。
化学学院始终秉持优良的学术传统，精诚团结，脚踏实地，锐意改革，努力为全院师生营造宽松的工作环境和愉快的学习氛围。百余年来，北京大学化学学院（系）为国家培养了上万名化学专业人才。进入新世纪以来，化学学院在教学与科研方面有了飞速的发展。经过一百多年的学术积累和不懈努力，北京大学化学学院已跻身国际顶尖化学教育与研究机构之列。（2016年更新）
