基础医学院是校本部规模最大、学科最全的学院之一，是集教学、科研、学生管理为一体的综合性学院，担负着本科生和研究生基础课程培养的重任。学院设有神经生物学学系、人体解剖学与组织胚胎学学系、细胞生物学学系、生物化学与分子生物学学系、生理学与病理生理学学系、病原生物学学系、免疫学学系、病理学学系、实验动物学学系、药理学学系和医学遗传与发育生物学学系等11个学系，1个基础医学实验教学中心。学院拥有生物学和基础医学2个一级学科博士点和博士后科研流动站，同时还设有药理学博/硕士培养点。首都医科大学基础医学院现有教职员工273人，其中教授43名、副教授64名。博士生导师57人（其中兼职导师6人），硕士生导师140人（其中兼职导师6人）。学院现有在读博士、硕士研究生373人，本科生1900余人。
