马克思主义学部的前身是马克思主义理论与思想政治教育学部。2016年9月，学校为进一步贯彻落实中宣部、教育部、市委教工委关于加强思想政治理论课建设的相关精神与要求，加强学校思想政治理论课教学及马克思主义理论教育、宣传和研究工作，决定成立马克思主义学院，同年12月，更名为马克思主义学部。
学部下设四个教研室，即马克思主义基本原理教研室、马克思主义中国化教研室、思想政治教育教研室和医学生综合素质教育教研室。学部承担着全校思想政治理论课及相关医学生素质类课程的教育教学及马克思主义理论学科建设、人才培养、教学科研、队伍建设以及理论宣讲、社会服务等职能。
学部现有北京市高校思想政治理论课特级教授1人，北京市社科理论人才“百人工程”2人，北京市中青年骨干教师4人，1人入选北京市属高校“青年拔尖人才培育计划”，2人入选北京高校“青年英才计划”，1人入选北京市高校思想政治理论课青年教师“扬帆资助计划”。
学部目前拥有思想政治教育专业硕士学位授权点，该专业2008年被批准为北京市重点建设学科。2016年加入中国特色社会主义理论大众化与国际传播协同创新中心。目前科学研究主要在4个研究方向上展开，即思想政治理论课中的理论热点、难点、重点问题、中国共产党卫生工作、传统文化与大学生思想政治教育和医学生职业综合素质培养。
面向“十三五”，学部全体教职员工将以“苟日新、日日新、又日新”的精神，全力推进学部各项事业发展，为全面提升学校核心竞争力、打造积极进取的校园文化做出最大的贡献。
