我校在建立化学系之初就已组建了有机化学学科，经过多年的努力和奋斗，本学科已形成了一支老中青结合的教师队伍，取得了许多国内外有影响的教学和科研成果。有机化学硕士学位点于2006年获批设立，2007年开始正式招生。
主要研究方向与成果
主要研究方向为有机合成化学、有机功能材料和应用有机化学。
有机合成化学
在有机合成新方法的研究（包括新型催化剂、绿色合成方法等），含氮杂环化合物、生物活性分子及药物中间体的合成和应用研究等方面形成了自己的优势并在学术界产生了一定影响。这些化合物的合成不仅在理论上具有重要意义，而且在医药、农药、光学材料、染料、功能材料、催化等方面都具有良好的应用前景。
有机功能材料
以有机化合物的结构理论和配合物结构理论为指导，设计并合成具有光、电、磁等特性以及其它某些特有性能的新型有机材料。其结构包括多种具有一定大小共轭体系的苯系芳香体系和杂环类芳香体系，有机硅化合物，过渡金属、稀土金属及铂系金属配合物等。研究材料的合成方法、性能以及结构和性能的内在联系。
应用有机化学
我院是最早的中国阻燃学会集体会员单位之一，2002年12月获批准组建“南京市阻燃材料工程技术研究中心”。目前，已合成出磷系、卤系、磷氮系、磷卤系共三十多个品种的阻燃剂。还有许多农药、医药中间体和精细化学品方面的开发成果实现了工业化生产，取得了良好的社会和经济效益。
近三年来，本学科在国内外重要学术期刊包括Adv. Func. Mater.，New J. Chem.，Synth. Commun.，Chin J. Chem.，化学学报，高等学校化学学报等权威刊物发表论文70余篇，其中SCI收录45篇；获发明专利十余项；目前承担着多项包括国家自然科学基金国家和省“十一五”科技攻关项目、科技部重大基础研究前期研究专项项目、江苏省自然科学基金、江苏省高等学校自然科学基金、“211工程”重点建设项目等科研课题，以及数十项来自企业的研究开发项目，为我省的科技进步和经济发展作出了相应的贡献。
