轨道交通学院设有交通运输工程一级硕士点，涵盖道路与铁道工程等四个二级硕士点；设有车辆工程、测试计量技术及仪器两个二级硕士点。
学院依托上述六个二级学科硕士点招收学术型硕士研究生。
学院现有硕士点学科与依托建设的学系之间的关系如下表所示。
一级学科
二级学科
依托建设学系
交通运输工程
（0823）
道路与铁道工程（082301）
土木与环境调控工程系
交通信息工程及控制（082302）
信号与控制工程系
交通运输工程系
交通运输规划与管理（082303）
交通运输工程系
载运工具运用工程（082304）
土木与环境调控工程系
车辆工程系
车辆工程
（080204）
车辆工程系
测试计量技术及仪器（080402）
信号与控制工程系
车辆工程系
