机械制造及其自动化系依托于机械制造及其自动化学科，该学科1981年成为国内首批博士点学科，1988年被评为首批国家重点学科，是国防科技工业“难加工材料加工”技术研究应用中心、教育部“高效精密加工技术与装备”工程研究中心、教育部“可持续制造关键技术”高等学校学科创新引智基地（111计划）、江苏省“精密与微细制造技术”重点实验室、江苏高校“航空航天先进制造技术”协同创新中心等研究基地的核心组成部分。本系拥有中国科学院院士1名（朱荻教授）、教育部长江学者特聘教授3名（朱荻教授、徐九华教授、曲宁松教授）、青年长江学者1名（徐正扬教授）、万人计划科技创新领军人才（徐正扬教授）。目前承担着国家自然科学基金（重大、重点、面上）、国家重点研发计划、国家重点科技攻关、国防基础预研和重点型号研制、省部级基金、国际合作以及横向协作等多层次、多类型的科研项目。在特种加工、高效切磨削加工、微细加工与纳米制造技术、制造过程自动化技术等方面进行深入研究，取得了显著业绩。
