可靠性与适航技术研究中心：可靠性与适航技术涵盖民用飞机研制、生产、使用、维修的全寿命周期，属于民用飞机研制与运营的关键技术。南京航空航天大学“可靠性与适航技术研究中心”成立于2011年3月，下设3个研究室：（1）可靠性与安全性工程研究室，主要研究方向为：民用飞机与航空发动机可靠性与维修性工程，民用飞机与航空发动机安全性设计与验证技术，民用飞机与航空发动机人机工效设计与验证技术。（2）适航技术与管理研究室，主要研究方向为：民用飞机与航空发动机适航验证与审定技术，航空器评审（AEG）与验证技术，民用飞机与航空发动机持续适航与管理技术。（3）虚拟设计与验证技术研究室，主要研究方向为：虚拟维修性设计与验证技术，智能仿真与可视化关键技术，数字化维修与训练关键技术。
机场系统工程研究所：为适应民航发展需要，我院于2009年建立了“机场系统工程研究所”，在民用机场规划发展、工程建设、运营管理、机场安全、信息与仿真等领域开展科学研究。主要研究方向及重点内容:（1）机场规划与运行管理，重点研究内容：机场规划、机场发展战略与可持续发展、机场运行及流程优化技术、机场群及多跑道协调运行、机场容量评估技术、机场经营管理、枢纽机场与航线网络、场面交通管理等。（2）机场安全管理，重点研究内容：机场安全管理、跑道安全监控、近空安全监控、安全预警与安全评估、紧急救援与突发事件管理等。（3）仿真与信息技术，重点研究内容：机场系统运行仿真与动态优化、机场信息化、机场安全监控、地面自动引导、基于RFID的行李分拣技术、机场跑道灯光控制等。（4）区域经济与临空产业，重点研究内容：区域经济、民航安全经济、临空产业等。（5）机场工程，重点研究内容：机场选址、机场设计与建设、场道维护等。
交通信息工程研究所：本研究所于2001年建立，以“交通信息工程及控制”学科为基础，开展以航空和民航为主体的科研与技术开发工作。设有三个研究室：（1）交通信息工程技术研究室：对民航通信、导航、智能控制、机载电子设备等领域涉及的关键技术进行研究。主要研究方向为：交通系统建模、仿真与控制技术，智能测试技术，飞机运行自动化与状态监控技术，民航通信与导航技术。（2）交通信息管理及安全技术研究室：对航空公司、机场等民航企业的信息管理、信息安全、辅助决策等领域涉及的关键技术进行研究，主要研究方向为：交通信息管理技术，交通信息安全技术，电子商务技术，信息系统与智能体技术。（3）交通信息系统集成技术研究室：对民航的各类信息系统互联、信息交换与系统集成等领域涉及的关键技术进行研究，包括以下研究方向：网络通信技术，智能运输系统技术，信息系统集成技术。
空中交通管理研究所：本研究所于2001年建立。主要研究领域为：（1）空中交通信息系统的规划、管理及实现。（2）空中交通系统的智能化技术。（3）空域规划与空中交通系统效能分析。（4）空中交通系统模拟技术。研究内容主要涉及：空中交通流量管理理论、方法及关键技术，冲突探测与规避技术，自动化空中交通系统，新航行系统关键技术，空域管理与评估技术，自动化飞行程序设计，空管中的人的因素，先进空中交通系统模拟技术，飞行轨迹仿真、预测及再现技术。该研究所在空中交通流量管理系统、空域评估系统的研究居于国内领先水平。
航空安全与保障工程研究：本研究所于2001年建立。保证安全是民航与军用航空的主题。状态监测与故障诊断技术对保障航空安全、降低维修成本具有特别重要的意义。航空安全与保障工程研究所紧紧围绕影响航空安全的人、机、环境等因素开展科研工作。主要研究方向为：（1）飞机与发动机状态监测与故障诊断技术；（2）开发各种先进、适用的检测技术和手段；（3）安全信息管理与综合分析技术研究；（4）飞行事故分析与事故预测技术研究；（5）飞机运行特性与仿真；（6）发动机运行特性与仿真。
民航软科学研究所：本研究所成立于2001年，是专门从事民航运输管理、经济、法律以及英语等领域的研究机构，由民航学院、经管学院和人文学院联合组建。研究所下设5个研究室：民航管理信息系统研究室，民航企业战略与决策研究室，民航交通运输规划与管理研究室，民航经济与法制研究室，民航英语研究室。主要研究方向包括：民航管理体制研究，民航企业发展战略，民航信息管理，民航物流管理，空域规划与流量管理，人力资源管理，民航营销策略，民航经济与市场预测，飞机租赁，民航经济与区域发展，民航人身保险法，民航事故与贴偿的法律研究，WTO的有关民航运输法律条文研究，民航经济法律以及民航英语和培训等。
飞行模拟与先进培训工程技术研究中心：本中心所于 2011年建立。主要研究方向：飞行模拟技术，航空器运行品质分析与仿真，机电控制与自动化，起落架研究，机务信息系统与计算机应用，图形图像与计算机信息处理，飞行仿真与飞行安全等。研究中心主持完成了国家863课题、国家自然科学基金项目、江苏省科技攻关计划项目、民航总局项目、航空基金等科研项目十余项，以及一批民航企事业单位横向委托项目；在飞机起落架、轻型飞行模拟等方向的研究成果达到国内领先水平。
综合运输与物流研究中心：该中心是因应航空客货运输从机场到机场运输发展到点到点、门到门便捷联运系统，从单一运输模式向空陆海协同运输而建立起来的综合研究中心。它以“交通运输规划与管理”与“管理科学与工程”二个重点学科为基础，以服务于国民经济和社会发展为宗旨，通过为政府机关、企事业单位提供交通运输与物流发展战略管理、规划设计、技术方案，来推动行业的发展，促进科研的深化。其主要研究领域有：1、综合运输系统。主要研究机场服务范围内的便捷联运系统规划设计与营运管理、轴辐式网络的构建、多机场系统的协同、综合运输系统规划等。2、航空物流。主要研究捷运系统的规划与管理，包括货运网络的构建、地面运输规划、多式联运、信息系统、营运管理、协同协作等。3、物流供应链管理。主要研究物流供应链的规划与管理，包括物流产业规划、物流园区规划、供应链管理、物流供应链系统优化、物流金融、高端物流服务、专业物流等。4、航空物流信息工程。主要研究航空物流信息化及应用，包括货运电子商务、TMS、WMS、LMS、SCMS和综合运输信息系统、运输征询系统、航空物流第三方服务平台、大数据应用服务等。近年来，中心承担了包括国家863、国家自然科学基金、民航总局科研基金及省市、企事业单位委托的科研项目近百项，获得省部级奖5项，出版专著、教材30余本，培养博硕士、留学生300多人。中心在航空运输、物流供应链领域享有盛誉，主持起草了2010年上海世博会物流运营手册，与日欧美澳相关大学研究机构有定期交流机制，与机场码头、空运海运企业、物流供应链企业建立有广泛的联系。 主任：乐美龙教授；副主任：朱金福教授、曾小舟副教授（系主任）
