经过六十多年的建设和发展，学院现设四系一所两中心：自动控制系、电气工程系、测试工程系、生物医学工程系、飞行控制研究所以及电子技术中心、电工技术中心。学院现有3个博士后流动站，3个一级学科博士点，12个二级学科博士点，15个硕士点。2个国家重点（培育）二级学科，3个江苏省一级重点学科，1个国家级实验教学示范中心，4个部级重点实验室，2个教育部工程中心，2个教育部高等学校特色专业，2个国防特色专业，3个江苏省特色专业，1个江苏省品牌专业，1个江苏省实验教学与实践教育中心，1个江苏省实验教学示范中心，联合建设了1个国家级教学基地和1个国家级实验教学示范中心。学院控制科学与工程、电气工程、仪器科学与技术3个一级学科博士点构成了本学院学科的强劲支撑，既是传统特色学科，又是当前全球高科技发展的重点学科，同时均为江苏省一级重点学科，其中“控制科学与工程”和“电气工程”两个一级学科均为“十二五”江苏省优势学科一期和二期重点建设学科，并列入我校“高峰学科”。
近年来，学院坚持党的领导，紧紧围绕“高素质公民和未来开拓者”人才培养目标，深化教育教学改革，努力打造“三全育人”新局面；把领军人才引培作为师资队伍建设的战略重点，重点做好人才建设、平台建设、制度建设三件大事。在人才培养方面，近五年新增“长江学者”特聘教授、国家杰出青年基金获得者、国家“万人计划”领军人才各1名、国家优秀青年基金获得者3名、教育部新世纪人才培养计划、中青年科技创新领军人才各1名、江苏省特聘教授1名、江苏省杰出青年基金获得者4人、柔性引进特聘教授1人等各项人才工程。在教学方面，先后获得国家级教学成果奖5项，其中与东南大学合作申报的《创新课程体系，突出自主研学的电工电子实践课程改革与成效》项目获2014年高等教育国家级教学成果奖一等奖。在科研方面，近五年国家自然基金获批103项，其中2014年在控制领域获批国家自然科学基金重大项目子项目1项，2015年获批国家自然科学基金杰出青年基金1项、控制领域国家自然科学基金重点项目2项；获批教育部自然科学奖一等奖2项，二等奖1项、教育部技术发明奖二等奖1项；获批国防技术发明奖二等奖1项、三等奖1项；国防科技进步奖二等奖3项、三等奖1项。获批工信部重点实验室3个 ；自2013年以来，科研到款逐年提高，稳定在8000万/年的水平，四年总额达到3.2亿元。在学生培养方面，学院学生自2010年以来在省级以上各类学科和课外学术科技竞赛中共获得120多项奖励；先后有3人获得全国优博论文提名奖，1人获得国防科技工业百名优秀博士称号，3人被评为国防科工委优秀博士毕业生，获江苏省优秀博士论文7篇、江苏省优秀硕士论文12篇；先后涌现出10个江苏省先进班级、10位江苏省三好学生和10名江苏省优秀学生干部，2位江苏省优秀共青团员等。五年来，学院共培养本科毕业生3576人、硕士毕业生1837人、博士毕业生156人。向国防系统输送毕业生1100余人，一大批自动化学子正在祖国国防战线和“500强”的舞台上建功立业。
自动化学院将在全体师生的支持和努力下，坚持以党的十九大会议精神为指导，以习近平总书记新时代中国特色社会主义思想为引领，紧紧围绕学校发展目标，坚持“特色发展、人才强校、开放办学、制度创新”的发展战略，齐心协力、奋发有为，在新的发展形势面前，以 “双一流”建设为目标，全面落实各项改革举措，不断提升办学水平，全面推动学院各项事业再上新台阶！
二、历史回眸
自动化学院原始基础为1952年建校就成立的航空仪表制造（四专科）和飞机电气设备安装与试验（五专科）两个专科。
1956年4月8号学校决定南京航空工业专科学校改为南京航空学院，12月21日撤消专科建制，四专科改为航空特设系（四系）设航空仪表自动器和飞机电气设备两个专业，学制五年。1957年2月15日四系设自动控制、仪表、仪表与电气（特种工艺）工艺、航空电气、无线电和电工六个教研室。1959年8月学院决定从四系抽成力量成立自动控制系（五系）下设飞机自动驾驶仪、火箭导航无线电遥控测试专业，学制五年，设有自动控制原理（501）教研室、计算机原理（502）教研室、制造工艺（503）教研室、导航控制（504）教研室、机载计算机（505）教研室和飞机自动驾驶仪（506）教研室等六个教研室。1960年7月25—8月4号确定我校增设11个专业。航空特设系（四系）设航空仪表与传感器（401教研室）、航空电机电器（402教研室）、陀螺仪表与惯性导航（403教研室）三个专业；自动控制系（五系）设自动控制系统、航空自动器、解算装置三个专业。1962年12月26日自动控制系（五系）和无线电系（六系）合并为自动控制及无线电系（一系）；1963年经国防科工委同意又调整为航空无线电系（一系）和航空特设与自动控制系（四系），1965年9月16日国防科工委批复全院系的建制再次将无线电系、航空特设与自动控制系合并为航空仪表特设无线电设备系（四系），1966年6月文化大革命开始不久无线电系从四系分出独立。
1970年广空和511厂军、工宣队进驻南航。11月10日全院体制大调整，系改称大队并建立专业连队。无线电系单独成立大队，航空特设系改称三大队。航空自动器专业为31中队，航空仪表与传感器专业为32中队，航空电机电器专业为33中队，陀螺仪表及惯性导航专业为34中队，特种工艺专业为35队。1972年3月23日，全校体制调整恢复系的建立，航空特设系改称为三系。1972年底特种工艺专业离开三系后三系下设301教研室（航空自动器）、302教研室（航空仪表及传感器）、303教研室（航空电机电器）、304教研室（航空陀螺及惯性导航）和305教研室（自动控制原理）等教学实体，建有相关的实验室。
1977年恢复高考招生，三系名称改为自动控制系，专业设置不变。为了提高教学效率和集中建设实验室，1978年12月，三系将各专业讲授电子线路课程的教师集中组建了微电子技术及应用（306）教研室，并建立了相应的实验室。1985年5月学校体制调整电工教研室有基础部转入三系教研室。继后，为适应长空无人机飞控系统等科研和研制工作组建了无人机控制（308）教研室、数字控制（309）教研室和自动化设备厂（特设车间），成立于1959年的第一研究室改称系统仿真技术（310）教研室，这些都是以科研为主的实体建制。1989年9月学校决定检测技术与仪表专业（302教研室）调出三系与材料力学等合并组成测试工程系（14系）。
2000年10月学校进行新的体制改革，实行校、院、系三级管理，测控技术与仪表专业又重新与三系组建了自动化学院至今。
