理学院成立于1994年，现设有数学系、应用物理系、物理实验中心、数理研究中心、计算数学与应用数学研究所和光电技术与应用光学研究所。设有信息与计算科学、应用物理学和光信息科学与技术3个本科专业，其中信息与计算科学专业是江苏省高等学校特色专业。
数学学科设有数学一级学科博士点，涵盖基础数学、计算数学、应用数学、运筹学与控制论和概率统计5个二级学科博士点和硕士点，并有系统科学一级学科硕士点。同时拥有大规模科学工程计算实验室和数学建模开放实验室。
应用物理系拥有物理学博士后科研流动站、光学工程一级学科和凝聚态物理二级学科博士学科点，以及物理学一级学科、光学工程一级学科、物理电子学二级学科硕士学科点和工程硕士光学工程专业领域学位授予权。其中物理学一级学科点涵盖理论物理、粒子物理与核物理、原子与分子物理、等离子物理、凝聚态物理、声学、光学、无线电物理等8个二级学科，无线电物理为国防科工委的紧缺学科。同时设有光信息科学与技术实验室、光谱与光谱分析研究实验室、光测技术和信息处理研究实验室、凝聚态物理研究实验室和纳米材料计算研究实验室。
