华东理工大学药学院成立于2004年9月，由华东理工大学与中国科学院上海药物研究所合作共建。中国科学院上海药物研究所蒋华良院士任首任院长。
学院下设药物科学系、制药工程系、上海市化学生物学重点实验室、上海市新药设计重点实验室、制药工程与过程化学教育部工程研究中心、GMP研究中心以及药学实验教学中心等部门，研究内容涵盖了化学药物、基因药物、农药和制药工程四个领域。
学院依托华东理工大学在化学工程、制药工程、生物工程等领域的传统优势，结合中国科学院上海药物研究所的创新药物研究实力，理工融合，在教学科研和学科建设中创特色学科，造精品专业，办名牌学院。学院以“良药苦口、忠言逆耳”为院训，积极进取、敢为人先、创制良药。
学院师资力量雄厚，现有专任教师107 名（其中博士后人员18名），正高39 名、副高 40 名、博士生导师 46 名（其中兼职导师12名）；学院拥有一批杰出的高层次教学科研人才，现有包括中国工程院院士在内的国家级重点人才13人、省部级人才称号获得者40人。
学院拥有药学一级学科博士点，制药工程与技术和农药学二级学科博士点；药学、植物保护一级学科硕士点以及制药工程与技术二级学科硕士点；其中农药学为上海市重点学科，药学为上海高校一流学科（B类）。学院拥有药学及植物保护两个博士后科研流动站，设有生物与医药类工程硕士和药学专业硕士等专业学位点。
学院拥有制药工程、药物制剂、药学三个本科专业。其中制药工程专业起源于1953年建校初期设立的化学制药（工学）专业，是国内最早创办的同类专业；2008年1月入选教育部特色专业；2010年5月入选教育部首批“卓越工程师计划”试点专业；2012年入选教育部专业综合改革试点，同年获批与上海医药集团共建国家级工程实践教育中心，并首家通过制药工程专业国家工程教育专业认证。已为我国制药领域培养了大批工程师、企业家和科学家。2019年制药工程专业和药学专业获准进入首批国家级一流本科专业建设行列 。
自建院以来，学院累计承担着国家自然科学基金、科技部973计划、863计划、卫生部、总后勤部“重大新药创制”科技重大专项、国家重点研发计划、教育部创新引智工程、国基金重点项目、“重大新药创制”科技重大专项等国家和省部级科研项目400余项。累计科研经费到款约4.5亿元。已在Nature子刊、Cell子刊、PNAS、J. Am. Chem. Soc.、Angew. Chem. Int. Ed.、J. Med. Chem.等本领域国际顶级刊物发表研究论文60余篇，共计申请专利440余项，获授权专利217项。已取得以国家科技进步二等奖，教育部自然科学一等奖，上海市自然科学一等奖为代表的27项获奖科研成果。在成果转让方面，近五年来，已有2个农药创制品种获得农药登记证并成功转化，6项新药转让项目合同金额超过1000万元，其中3项合同金额超过1亿元。
学院充分发挥海归人才优势，积极开展国际合作和学术交流活动。学院自成立以来，已与加拿大多伦多大学药学院、德国维尔茨堡大学药学与食品化学研究所、英国阿尔斯特大学药学院，英国萨里大学，新西兰奥克兰大学等建立了合作关系，与英国萨里大学，阿尔斯特大学，克兰菲尔德大学等建立了3+1学生交流项目；并与英国牛津大学，美国康奈尔大学，英国邓迪大学，英国伯明翰大学，加拿大不列颠哥伦比亚大学等建立了寒暑期短期交流项目；参与了法国化学工程师联盟FGL3+3项目；先后邀请了美国新墨西哥大学、英国贝尔法斯特女王大学、日本京都大学、韩国明知大学等校的著名学者前来上课，并合作培养学生。负责承办了多次国际学术研讨会，提高了学院和学校的知名度。学院于2006年11月获得教育部和国家外国专家局资助，建设学科创新引智基地（简称“111”计划），并于2019年顺利进入升级版，获得滚动支持，为国际合作和科研创新提供了平台。（2020年4月）
