有机化学专业于1986年被批准为硕士学位授予点，1987年开始招收研究生，2006年获得博士学位授予权。培养本专业研究生的单位主要是应用化学研究所、精细化工研究所和化学系有机教科组。拥有1000 m2左右的实验室，500多万元的成套实验设备，实验条件良好。本学位点有学者3名,现有教授11人,副教授10人,其中博士生导师7人,硕士生导师17人.
一、培养和研究方向
本专业培养具有扎实的有机化学学科的基础理论和系统的专业知识、熟悉掌握有机化学实验技能并具有一定独立科研能力、了解有机化学学科的国内外研究状况和发展前沿及相关学科的交叉渗透、能熟练查阅本专业的英文文献资料、并有一定英文听说能力和中英文写作能力的高层次人才。主要研究方向有：
1. 不对称合成
设计合成新型高效的手性配体或手性催化剂，研究它们在不对称催化反应中的手性诱导作用，以期发现高选择性的手性催化剂和新的不对称催化反应。
2. 金属与元素有机化学
金属有机化学：研究新型金属有机化合物的合成、结构与反应，寻求高效高选择性催化剂用于聚合反应和精细有机合成。
有机氟化学：研究新型的含氟试剂，通过各种有机合成反应在有机化合物分子中引入含氟基团，研究反应的立体选择性，进行具有生物活性的天然产物的含氟类似物的合成研究，开发含氟药物。
3. 应用有机化学
将基础研究与高新技术应用相结合，设计合成新型有机光电材料如有机光存储材料、分子开关与分子机器、有机液晶材料等，并研究它们的光电性能。
4. 生物有机化学
设计合成生物染料、抗癌药物以及绿色化学农药，并研究其具体应用和构效关系。
二、科研项目及成果
目前研究项目包括国家自然科学基金项目、国家973计划项目、学者基金、教育部新世纪优秀人才支持计划、上海市青年启明星计划、上海市自然科学基金项目等10余项。曾获得教育部科技进步一等奖、上海市科技进步奖二等奖等。近三年来，平均每年被SCI收录研究论文50篇左右。
