华东理工大学药学院成立于2004年10月，由华东理工大学与中国科学院上海药物研究所合作共建。国家食品药品监督管理局原副局长任德权教授任名誉院长，国家973首席科学家、中国科学院上海药物研究所研究员蒋华良博士任首任院长。
药学院下设药物科学系（2006年6月成立）、制药工程系（2006年3月由原化学与制药学院转入）、药学实验教学中心（2006年12月成立）、上海市化学生物学重点实验室（2005年1月由原化学与制药学院转入）、中药现代化工程中心（2005年2月成立）、制药工程与过程化学教育部工程研究中心（2007年1月成立）以及GMP研究中心（2009年6月成立），研究内容涵盖了化学药、中药、农药和制药工程四个领域。
药学院依托中国科学院上海药物研究所的创新药物研究实力，结合华东理工大学在化学工程、制药工程、生物工程等领域的工科优势，理工结合，在教学科研和学科建设中创特色学科，造精品专业，办名牌学院。争取在不长的时间里，以“良药苦口、忠言逆耳”为院训，积极进取、敢为人先、创制良药，将药学院建成我国一流药物学家和制药企业家的摇篮！
起步中的药学院，吸引了一批刚从海外归来的中青年药学专家加盟。药学院现有教授29名、副教授29名，其中兼职院士1名、国家973首席科学家2名、长江学者1名、上海市领军人才3名、国家杰出青年获得者4名、教育部跨世纪优秀人才1名、教育部新世纪优秀人才4名、上海市曙光学者4名、上海市浦江学者8名、校特聘教授7名、校讲座教授8名、博士生导师25名。拥有化学生物技术与工程、药物化学、农药学、制药工程与技术等博士点；药学、中药学、植物保护、化学生物技术与工程、制药工程与技术等硕士点；制药工程、药物制剂、药学等本科专业。其中农药学为上海市重点学科。
制药工程本科专业起源于1952年建校时的化学制药工学专业，是国内最早创办的同类专业，教学水平居国内一流，已为我国制药领域培养了大批工程师、企业家和科学家。“制剂工程”课程已被列为国家精品课程。药学院现有在读本科生900名、研究生400名。
药学院目前承担着国家973计划、国家863计划、国家自然科学基金项目、以及上海市重大、上海市重点、上海市曙光人才计划、上海市浦江人才计划等科研项目80余项，并已取得了以国家科技进步二等奖为代表的多项科研成果。
药学院充分发挥海归人才优势，积极开展国际合作和学术交流活动。学院成立三年来，已与加拿大多伦多大学药学院建立了合作关系，并先后邀请了美国新墨西哥大学、英国贝尔法斯特女王大学、日本京都大学、韩国明知大学等校的著名学者前来讲学。还负责承办了多次国际学术研讨会，提高了学院和学校的知名度。学院还于2006年11月获得教育部和国家外国专家局资助的学科创新引智基地（简称“111”计划），为国际合作和科研创新提供了新的机遇。
