生态学系成立于2002年，由城市与环境学系景观生态学教研室发展而来。2003年开始招收本科生，2011年成立生态学一级学科博士点，2013年设立生态学博士后流动站。现有教授6名，青年QR研究员2名，副教授5名，工程师1名，海内外兼职教授6名。其中中国科学院院士1名，QR讲席教授1名。
生态学系目前具备植物生理生态学、孢粉分析、树木年轮分析、植物形态与解剖、植物化学与土壤化学分析、植被数量分析、生态遥感等实验条件。作为北京大学“地表过程分析与模拟教育部重点实验室”的一部分，同时具备生物地球化学循环过程研究的实验条件。北京大学生态与环境研究网络塞罕坝实验站和三峡-大老岭实验站为生态学系的教学和科研提供了有力的支撑。
生态学系在充分吸收国内外优秀生态学教育经验的基础上，建立了适合中国国情的从本科到博士后各阶段的生态学人才培养体系：本科教学涵盖植物生态学、动物生态学和微生物生态学等主要生态学分支学科，尤其注重生物科学与地球科学、环境科学、信息科学等学科的交叉内容，通过室内实验与野外基础训练，让本科生能系统地掌握生态学的基本概念、基础知识、主要理论体系以及基本的实验与分析技能。研究生教育以培养专业研究人才为主要目标，注重特定生态学分支学科的基础理论、研究方法和手段等方面的专业训练，特别重视从事专业研究的科学思维能力、分析问题解决问题能力的培养和提高。
生态学系目前有全球气候变化及其生态响应、生物多样性保护、植被生态学、植物生理生态学、地下生态学、景观生态与景观规划以及城市生态学等几个有特色的研究方向。今后将主要关注基于碳循环和第四纪环境变化的全球与区域生态响应研究、生物多样性保护研究、地下生态学研究、植被生态与山地生态学研究、生理生态学研究、景观生态学与生态规划研究、城市生态与恢复生态学研究、以及不同尺度生态学研究的整合。
系主任：唐志尧副教授，邮箱：zytang@pku.edu.cn
