北京大学环境工程系以理工结合为特色，现有占编教师和其他全时工作人员二十余名。近年来，环境工程系以人才培养为首要任务，已经和正在培养的博士后、博士生、硕士生和本科生200余名。注重基础研究，着眼国际前沿，在水沙运动、土壤与地下水、环境微生物、水环境改善等理论方面取得了大量高水平的研究成果，在国际著名期刊上发表SCI收录论文200余篇，促进了北京大学环境工程学科的健康发展。结合国家重大科技需求，在城镇污水深度处理、特种工业废水处理、市政垃圾渗滤液处理、新型水体生物脱氮除磷、饮用水处理与安全保障、特殊环境条件下的高效微生物开发、固体废弃物处理处置与资源化、流域水环境改善与河流生态修复等领域开展了大量的研究工作，突破了许多瓶颈技术，获得授权专利40余项，部分专利成果已在重要的示范工程中得到应用，产生了显著的社会经济效益和生态环境效益。
环境工程系主持了国家自然科学基金重大项目、国家水体污染控制与治理科技重大专项项目、国家科技支撑计划课题、国家863计划课题、国家973计划课题等30多项重要的科研项目，有关研究成果获得了国家科技进步二等奖、高等学校科技进步一等奖、北京市发明专利奖等十余项奖励。在早期创办的环境工程研究所的基础上，相继建立了水沙科学教育部重点实验室、北京市新型污水深度处理工程技术研究中心、饮用水安全联合研究中心、环境工程国家计量认证实验室、水处理与环境微生物中试基地以及国际SPO水与环境技术合作研究平台。
环境工程系拥有20余台大型仪器设备，如液相色谱质谱联用仪LC-MS、气相色谱质谱联用仪GC-MS、电感耦合等离子质谱仪ICP-MS、液相色谱系统、石英晶体微量天平、石英晶体微量天平配件、总有机碳分析仪等，还拥有傅里叶红外光谱、原子荧光光度计、微生物发酵培养系统、ICP-OES、热丝CVD化学气相沉积系统、流动注射分析仪和TOC测定仪等，为环境工程学科的教学和科研提供了保障。
环境工程系以其年轻的朝气和踏实的作风吸引了全国各地的优秀学生。经过以创新能力为核心的综合素质培养和系统的专业训练，毕业生视野开阔、基础宽厚、专业扎实、适应力强，受到业界的高度肯定和欢迎。
