北京大学药学院的前身是北京大学中药研究所，始建于1941年。在此基础上，1943年建立北京大学医学院药学系；1952年医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系；1985年随学校更名为北京医科大学药学院；2000年4月更名为北京大学药学院。曾设本草、制药、药学、药检、药物化学、生药学、应用化学（医药）、药理学等专业，现设药学专业（六年制本硕连读）。药学专业于2007、2008年被批准为国家级、北京市级高等学校特色专业建设点，于2008年被批准为“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”（简称理科基地）药学专业点。北京大学药学院是一个以培养研究型人才为目标的药学院。
1943-1945年刘思职教授任系主任，1945-1947年陈同度教授任系主任，1947-1958年薛愚教授任系主任，1958-1966年王序教授任系主任，1978-1983年王序教授任系主任，1983-1988年王夔教授任系主任、院长，1988-1999年张礼和教授任院长，1999-2004年彭师奇教授任院长，2004-2005年刘俊义教授任常务副院长，2005-2016年刘俊义教授任院长；2016年至今，周德敏教授任院长。至今药学院已有四名教授遴选院士，其中王序教授、王夔教授、张礼和教授为中国科学院院士，楼之岑教授为中国工程院院士。
药学院由六系（化学生物学系，药物化学系，天然药物学系，药剂学系，分子与细胞药理学系，药事管理与临床药学系）、一室（天然药物及仿生药物国家重点实验室）、一所（应用药物研究所）、一中心（药学实验教学中心）组成。下设四个委员会：教学委员会、学术委员会、药物研究与开发委员会、对外合作交流委员会。现有三个国家重点学科即药物化学、生药学及药理学科，药学学科于2007年被认定为国家一级重点学科，在教育部2012年学科评估中排名全国第一，于2017年入选教育部双一流建设学科，2017年QS全球药学学科排名第24位。2019年获批“国家级一流本科专业”建设单位。
学院在职职工178名，有教授（研究员）45名、副教授（副研究员）51名，其中中国科学院院士2人，国家“973”计划项目首席科学家3人，“长江学者奖励计划”特聘教授3名，中组部首批青年拔尖人才1人，百千万人才工程国家级人选1人，国家级有突出贡献中青年专家3人，国家杰出青年基金获得者7人，科技部创新人才推进计划中青年科技创新领军人才1人，科技部创新人才推进计划重点领域创新团队1个、教育部创新团队4个，教育部跨世纪（新世纪）人才12人，国家优秀青年科学基金获得者5人，北京市科技新星计划入选者4人，北京市优秀青年人才1人，全国优秀教师1名，北京市教学名师3名，北京市优秀教师8名。博士生导师62名、硕士生导师52名，具有博士学位的教师112名，占专任教师总数的87.5%，具有硕士学位的教师14名，占专任教师总数的10.9%。
学院在校各类学生1142人，其中博士研究生215人、统招硕士研究生365人、在职申请学位研究生46人，六年制本硕连读学生516人。
学院近年来获国家级教学成果二等奖1项、北京市教学成果一等奖2项、北京市教学成果二等奖2项；获国家自然科学二等奖3项，国家科技进步二等奖2项，省部级一等奖8项、二等奖26项、三等奖12项，其他奖20余项；近五年发表论文1824篇（其中被SCI收录的1248篇）。
药学院与国际国内科研院所、制药企业有着广泛的合作与交流。与美国、英国、法国、德国、日本、荷兰等国家及港澳台地区等十几所大学或公司建立了友好合作关系，聘请外籍名誉教授4名、客座教授12名，对内、对外交流的扩大和加深促进了药学院整体地位与水平的稳步提高。
北京大学药学院今后几年的奋斗目标是：逐步发展为具有国际一流水平的药学院。
