医学语言文化系的前身为北京医科大学基础医学系的第一外语教研室和第二外语教研室，上世纪80年代，两个教研室合并，组建成立外语教学部，负责北医所有学院本科生和研究生的基础英语及第二外语教学工作。2002年北京大学医学部公共教学部成立以后，合并了社文部的中文教研室，把医学部留学生的汉语教学工作也纳入日常教学任务中，并改学系名称为应用语言学系，2019年学系更名为医学语言文化系。
医学语言文化系现有教职工33人，其中正高级职称2人，副高级职称9人，外籍教师3人，博士后1人，教学辅助人员3人。医学语言文化系下设六个教研室：英语专业教研室、大学英语教研室、长学制教研室、研究生英语教研室、第二外语教研室和对外汉语教研室；并有三个教学辅助办公室：综合行政办公室、图书资料室、语言实验室管理办公室。
2002年9月，原公共教学部设立生物医学英语专业，开始招收本科生，从2016级开始，专业更名为英语（医学英语）。该专业培养工作主要由我系负责，包括设置培养方案、承担语言文化类的课程教学工作、以及学生毕业实习和毕业论文指导等工作。目前已招生18届，毕业学生13届，是学院唯一招收培养本科生的单位。医英学生在历年全国英语专业四级和专业八级考试中屡创佳绩，近几年专业四级通过率均为100%，专业八级通过率在94%以上。毕业生的就业也取得了骄人成绩，截至到2019年，共毕业434名学生，累计一次性就业率达到了98.1%上。大多数毕业生进入国内外知名大学和跨国机构进行深造或工作，为促进我国卫生事业的国际交流作出了贡献。
医学英语专业于2016年起开展“4+X”国内外联合培养项目。完成前4年的学习、成绩符合要求的学生可以申请到国外知名大学学习1-2年，毕业后可获国外院校硕士学位。目前已与英国爱丁堡大学、伦敦大学学院、伦敦卫生与热带医学学院签署4+1联合培养项目，与美国加州大学伯克利分校签署4+1+1联合培养协议。
医学语言文化系的研究领域包括叙事医学、社会语言学、文学与医学、跨文化交流、医患交流话语研究、翻译研究、学术英语、教学法研究、跨国医疗制度对比研究等。近年来取得了一批学术成果，叙事医学研究在国内处于引领地位。教师积极指导学生参加科研，训练了学生的科研能力，推动了学生的科研产出，也为筹建本专业硕士项目奠定了一定的基础。
