医学人文学院的成立、发展与北医教育教学过程中社会科学人文科学课程的逐步开设、增加和完善紧密相联。1912年，北医建校之初，德语、物理学成为规定课程，并设有国文教师、伦理教师、体操教师。1929年，学校将国文、德文、数学、物理学、体育等规定为必修课，并开设了英文或日文、医学史、医师伦理、社会学等选修课程。1935年，物理学教研室成立。1946年，医史科成立，并于1952年改称医史教研组。1952年北医开始有计划、有组织的进行思想政治理论教育，增设《中国革命史》、《马列主义基础》等政治理论课。1983年，马列主义教研室对中共党史课进行了探索性改革，增加了中国近代史内容，并改为中国革命史课程，这一教改成果得到国家教委的肯定并在全国高校推广。1976年，自然辩证法教研室成立。1979年，成立了医学心理学教研室。1981年，德育教研室成立。1985年3月成立了社会科学与人文科学教学部（简称社文部，大量增加社会科学人文科学的课程，杨大纬任社文部主任。下设中国革命史、政治经济学、哲学、思想政治教育、医学心理学、医学史等教研室。1988年，医学伦理学教研室成立。
北京医科大学与北京大学合并后，为加强医学部的公共课与通识课教育，2002年7月，在原北京医科大学社文部、外语教学部、体育部、基础医学院数学教研室、物理教研室和计算机教研室的基础上组建北京大学医学部公共教学部。王倩为公共教学部主任和党总支书记。当时的公共教学部设有5个学系：哲学与社会科学系、医学人文学系、医用理学系、应用语言学系、体育学系。2005年5月，张大庆任公共教学部副主任（主持全面工作），李文胜兼任党总支书记。2006年11月，公共教学部经过党政同期换届，张大庆任主任，吴玉杰任党委书记。2008年4月，成立北京大学医学人文研究院，韩启德任名誉院长，研究院领导班子由公共教学部领导班子兼任。2017年4月和6月，分别完成行政、党委班子换届，周程任主任，王玥任党委书记。2018年11月，北京大学医学人文研究院/医学部公共教学部正式更名为北京大学医学人文学院，周程任院长，王玥任党委书记。
学院现状
北京大学医学人文学院自成立以来，致力于医学生的思想政治、社会科学、人文科学、理学等教育教学，在人才培养、科学研究、学科建设、推进医学生综合素质、“全人”培养方面始终走在全国前列。
医学人文学院，由医学史与医学哲学系、医学伦理与法律学系、医学心理学系、医学语言文化系、健康政治学系（马克思主义理论教研中心）、健康信息管理系、体育与健康系及美学与艺术教育中心“七系一中心”组成。同时，学院还设有四个校级研究中心，即北京大学医史学研究中心、北京大学临床心理中心、北京大学医学部性学研究中心、北京大学医学部中美医师职业精神研究中心；七个院级研究中心，即医学史与医学哲学研究中心、医学心理学研究中心、医学伦理与法律研究中心、健康与社会发展研究中心、医学文化与健康传播研究中心、医学美学研究中心以及数据与案例管理中心。
医学人文学院主要承担医学部本科生思想政治理论课、公共课的教育教学，生物医学英语专业本科生的培养，研究生思想政治理论课、公共外语、专业基础等课程的教育教学，以及医学史、医学伦理、医学心理等专业的研究生培养。
现有技术史专业一级学科博士点，应用心理学二级学科博士点，还可招收医学伦理学、社会学博士；有马克思主义基本原理、思想政治教育二级学科硕士点，还可招收应用语言学硕士、应用心理学专业硕士；并可招生相关专业博士后。
