导师制是元培计划的基本制度，是元培学院学生根据自身兴趣和能力选择专业、自主又理性选课的重要保障。导师的基本工作涉及专业选择、大学生活适应、学术科研指导以及专业发展等多个方面。
校聘导师：经过十多年的努力和完善，元培学院建立了涵盖全校各院系的校聘导师队伍，均由时任校长颁发聘书，每届聘期3-4年。负责指导低年级学生尽快适应北京大学的学习和生活；对学生在基础课和通识课的学习、专业方向的选择等方面提供必要的指导和咨询和拓展；对于已经进入专业学习的元培学生，协助做好与各院系的沟通工作（协助第二课堂教学、教学实习等课堂外的教学环节活动的安排）；通过多种途径对学生开展通识教育和社会实践教育，在学生的学术实践、论文写作和科研入门等方面给予具体的指导和帮助。
专业导师：元培学院正在建立各个专业院系的导师团队，参与该专业方向教学计划的制定和调整，为该专业方向的学生提供直接的科研指导、帮助和科研实践机会。言传身教地提高学生的专业兴趣，培养学生的科研意识和科学精神，以及从事科研工作的规范训练。
专职导师：专职导师由退休教授担任，办公地点为元培学生住宿楼。每周7天轮流值班，方便与学生近距离的交流沟通，对学生的思想、学习、生活、情感、宿舍人际关系等方面进行指导帮助，解决学习、生活、情感方面的困惑，及时疏导心理问题。
