北京大学的马克思主义理论研究和教育的历史最早可以追溯到五四时期。1918年，李大钊、高一涵等在北大组织了我国最早的马克思主义研究团体，名为“马客士主义研究会”。1920年3月，在李大钊的带领下，又秘密发起成立“北京大学马克思学说研究会”，并于1921年11月17日在《北京大学日刊 》上刊发《启示》：“本会叫做马克思学说研究会，以研究关于马克思派的著述为目的”，正式公开宣布研究会的成立，由邓中夏、黄日葵、 高君宇、何孟雄、罗章龙、刘仁静等19人列名发起。研究会在研究、传播马克思主义方面，做过大量的工作，起过重要的作用。从1921年起到1926年，在《北京大学日刊》上都能看到研究会发布的各种《通告》和《启示》。
在中国大学中第一次把马克思主义理论正式列入课程，公开讲授，并对学生进行考核，也是在北京大学从李大钊开始的。自1920年起，李大钊在北京大学史学系、经济系、法律系和政治系先后开设了“唯物史观”、“工人的国际运动与社会主义的将来”、“社会主义与社会运动”等马克思主义理论课。在30、40年代，北京大学的一些教授也曾在经济系、政治系开设马克思主义理论的课程。中华人民共和国诞生后，北京大学成立了“新民主主义论教学委员会”，由许德珩、冯 定、胡世华、许宝禄、楼邦彦、杨晦、金克木、王铁崖等教授开设专题讲座，张友仁、汪子嵩、李由义、赵宝煦、许世华等任助教。何干之教授等也被聘请来校授课。此后，又成立了“政治课教学委员会”，开设了“辩证唯物主义与历史唯物主义”、“社会发展史”、“中国革命史”等课程，从校外又邀请了艾思奇、胡绳、何思敬等著名学者来校授课。1952年院系调整后，北京大学成立了“马列主义基础教研室”和“中国革命史教研室”，负责全校“马列主义基础”和“中国革命史”两门课程的教学。1959年，北京大学成立“ 马列主义基础教研室”，统管全校马克思主义理论课的教学，由校长陆平兼任教研室主任。1964年又集中成立了“公共政治理论课研究室”。1978年4月 ，学校重建“马列主义教研室”。1980年，学校成立了“马列主义研究所”，是从事马克思主义理论特别是科学社会主义理论的科研机构。1985年，学校成立“马克思主义理论课教学指导委员会 ”。这些机构，曾经为组织全校的马克思主义理论教育教学作出了历史性的贡献。
1992年3月17日，学校作出《关于建立北京大学马克思主义学院的决定》，指出 ：“建立马克思主义学院是全面贯彻党的教育方针、端正办学指导思想、落实德育首位的一个重要措施。该学院在学校党委和行政的领导下，负责统一组织全校马克思主义公共理论课的教学和思想政治课的教育，开展马克思主义的理论研究，承担高等学校马克思主义理论课教师和党政干部的理论培训任务，并接受学校委托，组织校内各方面的理论力量开展理论研讨活动，逐步把学院建设成我校一个马克思主义理论的教育、研究和培训基地，成为思想政治教育的一个重要阵地”。1992年4月2日，学校召开大会，宣布学院的正式成立。
