作为北大的通识教育/博雅教育学院，同时肩负北大通识教育改革探索重任。
元培学院在过去近20年来对北大的整体教育改革作出了重大的贡献，不仅仅是师生观念上的改变，还包括课程体系的调整、通识教育的发展等方面。北大的本科教育改革，在专业教育与通识教育之间进一步探索，都与元培学院这些年来取得的进展和影响是分不开的。
2001年9月20日北京大学元培计划管理委员会成立，同时设立了元培计划执行委员会和元培计划实验班，继续贯彻北京大学教学方针，积极稳妥地推进北大本科教育教学改革，开展人才培养模式的探索与实践；
2002年1月25日北京大学校长聘任首届元培导师，元培计划实验班的学生在导师指导下制定的教学计划内，实行自由选课学分制和自由选择专业制度；
2002年9月元培计划实验班在全国本科招生中按文理两大类招生，学生入学不分专业，在低年级实行通识和大学基础教育，加强和拓宽学生基础；在高年级实行宽口径专业教育，注重实践和创新能力培养。同时尊重学生的兴趣与选择，尊重学生个体化差异，学生原则上可自由选择专业；
2006年9月北大－耶鲁联合培养本科生项目在元培学院开始实施。元培学院的学生参与或发起各类国际交流项目、学生交换项目、国际志愿服务项目、通识教育国际论坛等；
2007年9月6日北大第一个非专业类本科学院“元培学院”正式成立，标志着北大本科教育改革进入一个新阶段，成为改革开放40年，北大的40个瞬间之一；
2008年元培学院先后设置“古生物学”和“政治学、经济学与哲学”两个跨学科专业；
2009年5月元培学院获国家级优秀教学成果一等奖，元培学院成为教育部首批“国家创新人才培养改革计划实验区”；
2010年何善衡图书室正式建立，这是由元培学院学生自主管理的图书馆；
2011年8月元培学院开始在36楼实现集中住宿，住宿书院探索进入实践阶段；
2011年9月14日北京大学元培学院举办十周年庆典暨本科教育改革研讨会；
2011年元培学院设置第三个跨学科专业“外国语言与外国历史”；
2014年8月元培学院设置新生训练营项目，帮助新生更快适应大学学习生活；
2014年9月元培学院设置第四个跨学科专业“整合科学”，并通过开设面向全院的通识教育核心课程，探索通识教育新模式；
2015年8月元培学院开始在35楼集中住宿，学院开始在俄文楼独立办公，可供学生活动的公共空间与学习生活的硬件条件均显著提升；
2015年9月元培学院设置第五个交叉学科专业“数据科学与大数据技术”，开设新生讨论班项目，新生入学辅导渐成体系；
2018年9月元培与全校各院系合作，建设更丰富的新生讨论班和更多样的通识教育核心课程，进一步完善学院通识教育体系；
2019年6月元培学院启动35楼地下空间改造工程，为住宿书院创造硬件条件。
