北京大学教育经济研究所成立于1999年。它是由原国家教委、原国家计委和财政部联合支持设立的，是国家教育经济和教育财政问题的重要研究和咨询机构。教育经济研究所依托于北大教育学院（其前身是北大高教所）。
研究所以宏观教育投资和管理体制为研究重心，以完善学科建设为学术追求，充分发挥研究人员的学术专长，逐步形成了规范实证研究，定量方法与定性方法结合，多学科综合研究的特色。多年来，研究所人员主持和参与了多项国家和部委以及国际机构的重大科研项目，其中许多研究成果得到国内外学术界的高度评价，产生了积极的社会影响。
研究所聚集了一批杰出的中青年学者。成员来自多学科背景，思想敏锐，训练有素，并有广阔的国际视野和开展国际合作研究的经验。开放民主、兼容并包的学术氛围和团结协作的优良传统，为科研人员追求卓越，拒绝平庸提供了良好的环境。除拥有一支精干的专职研究队伍外，研究所还聘请了一批国内外的知名专家和学者作为兼职研究人员。
研究所依托的教育经济与管理学科是国内第一个该学科博士点；2000年，教育经济研究所被国内同行专家评为教育部普通高等学校人文社会科学重点研究基地；2002年，教育经济与管理学科被国务院学位委员会组织的专家评为全国重点学科；2003年，被评为"公共管理"一级学科博士点，并取得了博士后流动站的资格。
